โรงเรียนเบญจมราชาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์เดิมเป็นวังเก่าของพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมขุนมรุพงศ์ศิริพัฒน์ พระราชโอรสในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ต้นราชสกุล "วัฒนวงศ์" ได้ทรงอุทิศ ให้รัฐบาลตั้งเป็นโรงเรียนฝึกหัดครูสตรีแห่งแรก เพื่อเป็นพระบรมราชานุสรณ์ในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทำบุญเปิดโรงเรียนฝึกหัดครูหญิงแห่งนี้ เมื่อวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2456 และเปิดสอนในวันที่ 10 มิถุนายน พ.ศ. 2456 มีนักเรียน 24 คน พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อโรงเรียนว่า "เบญจมราชาลัย" และกรมศึกษาธิการได้เชิญเสด็จสมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้าจักรพงษ์ภูวนาถ กรมหลวงพิษณุโลกประชานาถทรงเปิดนามโรงเรียน เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม พ.ศ. 2456เมื่อกระทรวงธรรมการได้รับสถานที่นี้แล้ว ได้จัดซ่อมแซมแก้ไขให้เข้ารูปเหมาะที่จะเป็นโรงเรียน โดยใช้อาคารซึ่งเป็นพระตำหนัก 2 หลัง และอาคารเรือนไม้ 5 หลัง เป็นอาคารเรียน เริ่มเปิดสอนเป็นโรงเรียนฝึกหัดครูประถม ทั้งประจำและไปกลับ รับนักเรียนในกรุงเทพฯ และมณฑลต่าง ๆ ได้ขยายการสอนถึงวิชาครูมัธยม ต่อมาในภายหลังได้เปิดสอนภาษาอังกฤษ ภาษาฝรั่งเศส ชั้นสูง เทียบเท่าประโยคมัธยมบริบูรณ์ชาย เรียกว่า ประโยคมัธยมวิสามัญ พ.ศ. 2472 ได้เปิดสอนประโยคมัธยมบริบูรณ์ชาย มีทั้งแผนกภาษา แผนกวิทยาศาสตร์และแผนกกลาง นับเป็นโรงเรียนสตรีแห่งแรกที่สอนวิชาในหลักสูตรมัธยมบริบูรณ์ชาย และมีจำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้น ปี พ.ศ. 2475 กระทรวงศึกษาธิการได้รับพระราชทานที่ดินและสิ่งปลูกสร้างที่ตำบลถนนราชบุรี จากสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอเจ้าฟ้ากรมหลวงเพชรบุรีราชสิรินทรพระปิตุจฉาเจ้าให้จัดสร้างเป็นโรงเรียน กระทรวงศึกษาธิการจึงสั่งย้ายครูและชั้นมัธยมบริบูรณ์ชาย (ม.7-8) ทั้งหมดไปอยู่โรงเรียนเพชรบุรี - วิทยาลงกรณ์ นับเป็นการย้ายครั้งใหญ่ที่ทำให้โรงเรียนเบญจมราชาลัย ต้องลดฐานะมาเป็นโรงเรียนสามัญ คงมีแต่นักเรียนเช้าไปเย็นกลับ ตั้งแต่ชั้นประถมปีที่ 1 ถึง มัธยมปีที่ 6 ต่อมาในปีพ.ศ. 2476 โรงเรียนเบจมราชาลัยได้ปรับปรุงการสอนเพิ่มถึงชั้นประโยคบริบูรณ์อีกดังเช่นเดิมแต่ใน พ.ศ. 2480 กระทรวงศึกษาธิการ ได้สั่งย้ายนักเรียนชั้นสูงไปเรียนรวมที่โรงเรียนสวนสุนันทาวิทยาลัยและยุบเลิกชั้นประถม ตั้งแต่บัดนั้นมาคงเปิดทำการสอนเฉพาะชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึง มัธยมศึกษาปีที่ 6 ตามคำสั่งของกรมสามัญศึกษา ในปีพ.ศ. 2496 ได้เปิดชั้นเตรียมอุดมศึกษาทั้งแผนกอักษรศาสตร์และ วิทยาศาสตร์ ในปีพ.ศ. 2499 ได้เริ่มเปิดสอน 2 รอบ คือรอบเช้า และรอบบ่าย ในปีพ.ศ. 2503ได้มีการเปลี่ยนแปลงนโยบายการศึกษาแห่งชาติอีกครั้งหนึ่ง คือ ทำการสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 5 และในปี พ.ศ. 2521 ได้เปลี่ยนแปลงตามแผนการศึกษาของชาติ เป็นชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น 1-2-3 และชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย 4-5-6เนื่องจากอาคารเรียนเดิมเป็นเรือนไม้ เมื่อเวลาผ่านไปอาคารเรียนอยู่ในสภาพที่ทรุดโทรม ประกอบกับมีจำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ทางโรงเรียนจึงได้จัดสร้างอาคารเรียนใหม่แทนเรือนไม้หลังเดิม กล่าวคือ